Khoa Ngoại Tiết Niệu – Bệnh viện Đa khoa Phú Yên là đơn vị chuyên môn phụ trách khám, chẩn đoán và điều trị các bệnh lý hệ tiết niệu – sinh dục. Khoa đảm nhiệm nhiều lĩnh vực như sỏi tiết niệu, u tuyến tiền liệt, bệnh lý bàng quang, rối loạn tiểu ...
Khoa Chấn thương chỉnh hình được tách ra từ Khoa Ngoại chấn thương từ năm 2020. Kể từ khi thành lập được sự đầu tư rất lớn của bệnh viện, Khoa đã từng bước phát triển và trở thành một trong những khoa lâm sàng trọng điểm của bệnh viện
